Sesuai dengan ketentuan pasal 49 undang-undang nomor 5 tahun 1974 tentang pokok-pokok pemerintahan di daerah, yang menetapkan bahwa pembentukan, susunan organisasi dan formasi Badan Daerah ditetapkan dengan Peraturan Daerah sesuai dengan pedoman yang ditetapkan Menteri Dalam Negeri, maka dikeluarkan Peraturan Daerah nomor 5 tahun 1983 tanggal 6 Oktober 1983 tentang pembentukan, susunan organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kepulauan Riau yang sekaligus merubah status dan sebutan dari Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kepulauan Riau menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kepulauan Riau. Berdasarkan Keputusan Menteri Dalam Negeri nomor 84 tahun 1995 tentang pedoman organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah daerah Provinsi Kepulauan Riau, maka Peraturan Daerah nomor 5 tahun 1983 diganti dengan Peraturan Daerah nomor 9 tahun 1995 tentang organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kepulauan Riau.
Untuk menindak lanjuti Peraturan Daerah nomor 9 tahun 1995 tersebut, Gubernur Provinsi Provinsi Kepulauan Riau telah mengeluarkan Keputusan Nomor 1926 tahun 1996 tentang rincian tugas, wewenang dan tanggung jawab seksi-seksi dan subbagian di lingkungan Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kepulauan Riau. Diberlakukannya Undang-undang Nomor 34 Tahun 2000 tentang Pajak Daerah dan Retribusi Daerah sebagai akibat dari semakin luasnya cakupan pemungutan Pajak Daerah dan Retribusi Daerah secara otomatis merubah kondisi organisasi perangkat daerah termasuk Badan Pendapatan Daerah. Peraturan Daerah yang berlaku di Provinsi Kepulauan Riau pun mengalami perubahan.
Pemerintah Daerah membentuk Peraturan Daerah baru mengenai organisasi daerah yaitu Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2001 tentang Bentuk Susunan Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah dan Sekretariat DPRD Provinsi Provinsi Kepulauan Riau. Kemudian, pada tahun 2008, Pemerintah Daerah Provinsi Provinsi Kepulauan Riau mengeluarkan Peraturan Daerah nomor 10 tahun 2008 tentang Organisasi Perangkat Daerah yang merubah sebutan Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kepulauan Riau menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi daerah Provinsi Kepulauan Riau. Untuk menindak lanjuti Peraturan Daerah nomor 10 tahun 2008 ini, Gubernur sebagai Kepala Daerah Provinsi Provinsi Kepulauan Riau mengeluarkan Peraturan Gubernur nomor 34 tahun 2009 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pelayanan Pajak Provinsi Provinsi Kepulauan Riau.
Berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2016 tentang Organisasi Perangkat Daerah dibentuklah Badan Pajak Dan Retribusi Daerah (BPRD) Provinsi Provinsi Kepulauan Riau. Struktur Organisasi Badan Pajak Dan Retribusi Daerah (BPRD) Provinsi Provinsi Kepulauan Riau diatur dalam Peraturan Gubernur Nomor 262 Tahun 2016 tentang ORGANISASI DAN TATA KERJA BADAN PAJAK DAN RETRIBUSI DAERAH daerah Provinsi Kepulauan Riau. Setelah itu, BPRD berubah menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi Provinsi Kepulauan Riau sesuai pada Peraturan Gubernur Nomor 154 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kepulauan Riau.